เกาะเกร็ดเป็นย่านชุมชนที่มีความเจริญมาตั้งแต่สมัยกรุงศรีอยุธยาตอนปลาย เป็นทั้งชุมชนค้าขายและเป็นที่ตั้งด่านตรวจเรือต่าง ๆ ที่จะเดินทางผ่านไปมายังอยุธยา รวมถึงวัดวาอารามต่าง ๆ บนเกาะเกร็ดล้วนมีความสวยงาม ล้วนแล้วแต่เป็นศิลปะสถาปัตยกรรมในสมัยอยุธยาทั้งสิ้น แต่คงจะมาร้างคนเมื่อพม่ามายึดกรุงศรีอยุธยา หลังจากกอบกู้เอกราชได้พระเจ้าตากสินมหาราชจึงโปรดให้ชาวมอญที่เข้ารีตมาตั้งถิ่นฐานที่บริเวณเกาะเกร็ดแห่งนี้อีกครั้ง           แต่เดิมเกาะเกร็ดไม่ได้มีลักษณะเป็นเกาะ เป็นส่วนของแผ่นดินรูปโค้งลักษณะเป็นแหลมยื่นออกไปตามความโค้งของแม่น้ำเจ้าพระยา มีชื่อมาแต่ก่อนว่า บ้านแหลม แต่ได้มีการขุดลอกคลองลัดแม่น้ำเจ้าพระยาขึ้นในส่วนที่เป็นแหลม ในเวลาต่อมากระแสน้ำเปลี่ยนทิศทางแรงขึ้น มีการกัดเซาะตลิ่งทำให้คลองขยาย แผ่นดินตรงแหลมจึงกลายเป็นเกาะ ชื่อที่เรียกนั้น ชื่อเดิมเรียกว่า  เกาะศาลากุน 
          ในสมัยอยุธยามีเรือสินค้าทั้งในและต่างประเทศผ่านเข้ามาตามลำน้ำเจ้าพระยา เพื่อจะไปยังอยุธยา เมื่อถึงรัชกาลสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวท้ายสระ (พ.ศ.2251-2275) จึงพิจารณาเห็นถึงความจำเป็นที่จะต้องขุดคลองลัดตามลำน้ำเจ้าพระยาเพิ่มเติม เพื่อลดระยะทางและระยะเวลาในการคมนาคมขนส่งทางน้ำในสมัยนั้น รวมถึงเป็นการพัฒนาเศรษฐกิจของกรุงศรีอยุธยาในสมัยนั้น จึงทรงมีพระราชดำริให้ขุดคลองลัดแม่น้ำเจ้าพระยาช่วงเกาะเกร็ดขึ้นบริเวณที่มีแม่น้ำเจ้าพระยาไหลโค้งอ้อมไปทางทิศตะวันตก แล้วไหลวกกลับมาทางทิศตะวันออกในปี พ.ศ.2265 ดังปรากฏในพระราชพงศาวดารฉบับพระราชหัตถเลขาตอนหนึ่งว่า ?ในปีขาล จัตวาศกนั้น ทรงพระกรุณาโปรดให้พระธนบุรีเป็นแม่กองเกณฑ์ไพร่พล คนหัวเมืองปากใต้ให้ได้คนหมื่นเศษให้ขุดคลองเกร็ดน้อยลัดคุ้งบางบัวทองนั้นอ้อมนัก ขุดลัดให้ตรง พระธนบุรีรับสั่งแล้วถวายบังคมลามาให้เกณฑ์คนไพร่พล ในบรรดาหัวเมืองปากใต้ได้คนหมื่นเศษ ให้ขุดคลองเกร็ดน้อยนั้นลึก ๖ ศอก กว้าง ๖ วา ทางไกลได้ ๒๙ เส้นเศษ ขุดเดือนเศษจึงแล้ว พระธนบุรีนั้นจึงกลับมากราบทูลพระกรุณาให้ทราบทุกประการ          เมื่อทำการขุดคลองลัดแม่น้ำเจ้าพระยาได้แล้ว ทำให้เกิดการเดินเรือลัดได้เร็วขึ้น เรียกคลองในสมัยนั้นว่า คลองลัดเกร็ดน้อย  ต่อมานิยมเรียกว่า  คลองลัดเกร็ด  ต้นคลองหรือปากคลองเรียกว่า  ปากเกร็ด  ต่อมาคลองลัดเกร็ดได้ถูกความแรงของกระแสน้ำเซาะตลิ่งพัง จนกว้างมากขึ้นเรื่อย ๆ กลายเป็นแม่น้ำไป ที่ดินบริเวณที่เป็นแหลมยื่นออกไปจึงมีลักษณะเป็น  เกาะ  เรียกกันว่า เกาะเกร็ด

          ในสมัยโบราณเรียกเกาะเกร็ดที่เป็นเกาะที่มีขนาดเล็กนี้ว่า  เกร็ดน้อย  (ที่เชียงราก จังหวัดปทุมธานี เรียกว่า เกร็ดใหญ่ เพราะมีการขุดคลองลัดแล้วกลายเป็นเกาะที่มีขนาดใหญ่กว่าเกาะเกร็ด) อาจเป็นไปได้ว่าคนสมัยโบราณนิยมเรียกเกาะที่เกิดจากการกระทำของมนุษย์ว่า เกร็ด ต่อมาเมื่อมีการยกฐานะปากเกร็ดเป็นชื่อของตำบลและชื่อของอำเภอ เกาะเกร็ดก็ได้ยกฐานะเป็นตำบลเกาะเกร็ดด้วยจนถึงปัจจุบัน          ในสมัยสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราช ตรงกับพ.ศ.2317 ได้โปรดเกล้าให้ข้าหลวงไปรับครอบครัวมอญมาตั้งบ้านเรือนอยู่ในท้องที่ปากเกร็ด (รวมทั้งในเกาะเกร็ด) และสามโคก จังหวัดปทุมธานี เนื่องจากมอญแพ้สงครามกับพม่า เมื่อมอญสู้พม่าไม่ได้จึงอพยพครอบครัวมาพึ่งพระบรมโพธิสมภาร เมื่อสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราชทรงเลือกพื้นที่ช่วงเกาะเกร็ดและปากเกร็ดเป็นสถานที่ประกอบพระราชพิธีอัญเชิญพระแก้วมรกตและพระบาง ที่สมเด็จเจ้าพระยามหากษัตริย์ศึกอัญเชิญมาจากเวียงจันทร์ โดยทรงพระกรุณโปรดเกล้าฯให้สมเด็จพระเจ้าลูกยาเธอเจ้าฟ้ากรมขุนอินทรพิทักษ์เสด็จล่วงหน้าขึ้นไปในวันแรม 4 ค่า เดือน 3 ครั้นถึงวันขึ้น 4 ค่ำ เดือน 4 จึงเสด็จไปรับ พระตำหนักบางธรณีด้วยพระองค์เอง สำหรับพระราชพิธีอัญเชิญพระแก้วมรกตและพระบางครั้งนี้นับเป็นพระราชพิธีอันยิ่งใหญ่ที่ใช้บริเวณริมแม่น้ำเจ้าพระยาในท้องที่ปากเกร็ดและเกาะเกร็ด มีการจัดกระบวนเรือเสด็จพระราชดำเนินทางชลมารค และกระขวนเรืออัญเชิญพระแก้วมรกตและพระบางที่ยิ่งใหญ่
          ต่อมาในปี พ.ศ.2538 ตรงกับสมันรัชกาลที่ 2 แห่งกรุงรัตน์โกสินทร์ สมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัยได้โปรดเกล้าให้เจ้าฟ้ามงกุฎ(รัชกาลที่ 4) ไปรับครอบครัวมอญ ซึ่งหนีภัยสงครามมาจากพม่ามาอาศัยอยู่ที่ด่านเจดีย์สามองค์ เมืองกาญจนบุรี และได้โปรดเกล้าฯให้พระยาอภัยภูธร สมุหนายก ไปรับครอบครัวมอญเหล่านั้นมาอยู่ที่เมืองนนทบุรีบ้าง ปทุมธานีบ้าง เมืองเขื่อนขันธ์(พระประแดง)บ้าง ดังนั้นจึงมีชาวมอญอาศัยอยู่ในเกาะเกร็ดและหลายท้องที่หลายตำบลในอำเภอปากเกร็ด เนื่องจากมีชาวมอญอพยพเข้ามาถึง 2 ครั้ง คือ ในปีพ.ศ.2317และปีพ.ศ.2358
          ในสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ก็มักจะเสด็จพระราชดำเนินแปรพระราชฐานยังพระราชวังบางประอินเสมอกล่าวกันว่าทรงแวะพักเรือพระที่นั่งตามวัดต่าง ๆ บริเวณปากเกร็ดและเกาะเกร็ดนี้ทุกวัด และพระองค์ได้ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯให้บูรณปฏิสังขรณ์วัดปากอ่าว (วัดปรมัยยิกาวาส) เพื่อถวายเป็นพระราชกุศลร่วมกับพระเจ้าบรมมไหยิกาเธอ กรมเสด็จพระสุดารัตนราชประยูร และพระบรมวงศานุวงศ์ผู้ใหญ่ที่ทรงอภิบาลทำนุบำรุงสมเด็จพระเทพศิรินทรพระบรมราชชนนีและพระองค์มาตั้งแต่ครั้นทรงพระเยาว์ในสมัยเปลี่ยนแปลงการปกครอง ช่วงหลังจากพ.ศ.2475 และช่วงหลังสงครามโลกครั้งที่ 2 หมู่บ้านในตำบลย่านเกาะเกร็ดและปากเกร็ดริมแม่น้ำเจ้าพระยา กลายเป็นแหล่งหลบซ่อนตัวเพื่อเตรียมรับสภาวะวิกฤตในกรุงเทพฯ มีนักการเมืองและข้าราชการชั้นผู้ใหญ่หลายท่านได้มาสร้างบ้านสำรองไว้ยามฉุกเฉิน ซึ่งต่อมาทางราชการได้เข้ายึดบ้านดังกล่าว